《四部醫典》以藥師琉璃光佛的兩個化身心生仙人和明智仙人問答的形式寫成，全書有四部： 根本醫典（རྩ་རྒྱུད་，rtsa rgyud），共6章，從藏醫哲學出發，介紹關於人體生理、病理、診斷、醫療的整體思想。 論說醫典（བཤད་རྒྱུད་，bshad rgyud），共31章，深入闡述第一部，介紹人體構造、病痛成因、身體保健、藥物性狀、診斷方法和治療原則等內容。 秘訣醫典（མན་ངག་རྒྱུད་，man ngag rgyud），共92章，介紹各種臨床疾病的具體治療方法。
後續醫學（ཕྱི་མ་རྒྱུད་，phyi ma rgyud），共27章，介紹診斷方法、用藥配合以及外治法等內容。